- Musée Maison du Marais et Réserve Naturelle
- Musée Musée des traditions vigneronnes
- Musée Musée des outils des métiers de la pierre
- Musée Musée du Bugey-Valromey
- Musée Maison de l'Artisanat
- Musée Musée Gallo-Romain
- Musée Le pont des z'arts
- Musée Musée Paléoécologique de Cerin
- Musée Centre d'art contemporain de Lacoux
- Musée Notre Histoire - Musée de Rumilly
- Musée Espace Comté d'Aranc
- Musée Musée des traditions bugistes
- Musée Maison de la Pierre et du Ciment
- Musée Musée de la Vache et des Alpages
- Musée Château des Allymes
- Musée Musée français de la Fausse Monnaie
- Musée Maison d'Izieu, mémorial des enfants juifs exterminés
- Musée Musée de la Cordonnerie
- Musée Musée Faure
- Musée Musée de la vigne de Vaux-en-Bugey
- Musée Musée Léon Marès
- Musée Maison Ravier
- Musée Musée du Cheminot
- Musée Micro-Folie, musée numérique aux Avenières Veyrins-Thuellin
- Musée Museo Galletti
- Musée Cuivrerie de Cerdon
- Musée Musée des Soieries Bonnet
- Musée Musée de la Nature