- Musée Musée du Vieux Pérouges
- Musée Musee Tour De Guet
- Musée Musée d'art et d'histoire locale
- Musée Apothicairerie de Montluel
- Musée Musée Autrefois
- Musée Conservatoire de la Fondation Berliet
- Musée Patrimoine, culture et traditions
- Musée Musée-Maison du Patrimoine
- Musée Musée archéologique de Hières-sur-Amby
- Musée Musée de la Lauze
- Musée OL Le Musée
- Musée Musée de la Lauze
- Musée Missions 2070
- Musée Minéralogica
- Musée Espace Muséal de Gandil
- Musée Musée Testut-Latarjet
- Musée Musée de la vigne de Vaux-en-Bugey
- Musée Musée du Cheminot
- Musée Maison de la Pierre et du Ciment
- Musée Maison de la photographie Muroise
- Musée L’Aéromusée
- Musée Musée de l'informatique du centre de calcul de l'IN2P3
- Musée Institut d'art contemporain
- Musée Musée de l'automobile Henri Malartre
- Musée Musée de l'Automobile Henri Malartre
- Musée Maison des Arts
- Musée Musée d'Art Contemporain (macLYON)
- Musée Château des Allymes
- Musée Droguier de Lyon
- Musée Musée d'histoire de la médecine et de la pharmacie de Lyon
- Musée Musée des traditions bugistes
- Musée La Demeure du Chaos
- Musée Institut Lumière
- Musée Musée Lumière
- Musée Mémorial National de la prison de Montluc
- Musée Musée Jean Couty
- Musée Soierie Vivante
- Musée Atelier Mattelon
- Musée Musée des Moulages (MuMo)
- Musée Classe-Musée
- Musée Soierie Vivante
- Musée Maison des Canuts
- Musée Institut Culturel du Judaïsme
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Cité musée Tony
- Musée Musée des Beaux-Arts
- Musée Musée de l'Imprimerie et de la communication graphique
- Musée Science Expériences
- Musée Musée Soieries Brochier
- Musée Le Petit Musée du Vin
- Musée Cité Internationale de la Gastronomie
- Musée Musée Louis Jourdan
- Musée Musée de l'Illusion
- Musée Maison d'Ampère - Musée de l'Electricité
- Musée Musée des Hospices Civils de Lyon
- Musée Le Petit Musée de Guignol
- Musée Musée d'Histoire de Lyon - Gadagne
- Musée Musées Gadagne
- Musée Le Rectangle
- Musée Fondation Bullukian
- Musée Musée Cinéma et Miniature
- Musée Trésor de la Cathédrale de Lyon
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Musée des Tissus
- Musée Centre d'Histoire de la Résistance et de la Déportation (CHRD)
- Musée Soierie Saint-Georges
- Musée Maison de Pauline Jaricot
- Musée Maison de Lorette
- Musée Musée d'Art Religieux de Fourvière
- Musée L'Antiquaille - Espace Culturel du Christianisme à Lyon
- Musée Musée de La Vie Rurale
- Musée Lugdunum - Musée et Théâtres romains
- Musée Musée d'Histoire Militaire de Lyon et de sa Région
- Musée Musée des Sapeurs Pompiers Lyon Rhône
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Musée des géomètres-experts de la région Auvergne-Rhône-Alpes
- Musée Nouvel Institut Franco-chinois de Lyon
- Musée Maison des mathématiques et de l'informatique
- Musée Musée de cire, La vie du Saint Curé d'Ars
- Musée Ecomusée les Vieux Clous
- Musée Musée Souvenirs et Traditions
- Musée Micro-Folie
- Musée Musée des Soieries Bonnet
- Musée Musée des Confluences
- Musée Musée du chocolat de Lyon - Sève - MUSCO
- Musée Musée de l'Aviation Lyon-Corbas
- Musée Musée "Trévoux et ses Trésors"
- Musée Fonds anciens de Trévoux : Dictionnaire, mémoires et journal de Trévoux