- Musée Musée de la RN6
- Musée Maison Régionale des Arts de la Table
- Musée Musée de la Lime
- Musée La Grange aux Fossiles
- Musée Musée Papotte (Artisanat et vie rurale)
- Musée Musée de la Mine, de la Verrerie et du Chemin de Fer
- Musée La Maison des Outils d'Autrefois
- Musée Écomusée
- Musée Jardin Lapidaire
- Musée Musée lapidaire Saint-Nicolas
- Musée Musée des Enfants de Troupe
- Musée Musée Verger-Tarin
- Musée Museum d'Histoire Naturelle Jacques de La Comble
- Musée Le Panoptique - Musée Rolin
- Musée Le trésor de la Cathédrale Saint-Lazare
- Musée Musée des nourrices et des enfants de l'Assistance publique
- Musée Musée de la vigne et du vin du vigneron
- Musée Maison du seigle
- Musée Collection d'Engins agricoles
- Musée Collection de véhicules de pompiers
- Musée Collection d'avions de chasse
- Musée Musée François Pompon
- Musée Château de Savigny - Musée de la moto, de l'aviation et de la voiture de course
- Musée Maison Jacques-Copeau
- Musée Musée du Vin de Bourgogne
- Musée Hospices de Beaune
- Musée Musée des Beaux-Arts de Beaune
- Musée Maison du Patrimoine Oral de Bourgogne
- Musée Maison des Galvachers