- Musée Musée de la Lime
- Musée Maison Régionale des Arts de la Table
- Musée La Grange aux Fossiles
- Musée Musée de la RN6
- Musée La Maison des Outils d'Autrefois
- Musée Musée Papotte (Artisanat et vie rurale)
- Musée Musée de la Mine, de la Verrerie et du Chemin de Fer
- Musée Collection d'Engins agricoles
- Musée Musée François Pompon
- Musée Collection de véhicules de pompiers
- Musée Château de Savigny - Musée de la moto, de l'aviation et de la voiture de course
- Musée Collection d'avions de chasse
- Musée Écomusée
- Musée Maison Jacques-Copeau
- Musée Musée des nourrices et des enfants de l'Assistance publique
- Musée Cellule-musée Sainte Élisabeth de la Trinité
- Musée Musée du Vin de Bourgogne
- Musée Hospices de Beaune
- Musée Musée des Beaux-Arts de Beaune