- Musée Le Hameau du Fromage
- Musée Musée du Tacot et des Chemins de fer départementaux
- Musée Atelier Courbet
- Musée La Fabrique du Chocolat
- Musée Musée Courbet
- Musée Institut Gustave Courbet
- Musée Musée du costume et des traditions comtoises
- Musée Musée de la Vie d'Avant
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Musée rural
- Musée Fromagerie-Musée
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Musée des Armées Lucien Roy
- Musée Fédération des Musées au Pays de Courbet
- Musée Musée de la vigne et du vin
- Musée Muséum d'histoire naturelle
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Espace Vauban
- Musée Musée Comtois
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation - Citadelle de Besançon
- Musée Maison Victor Hugo
- Musée Musée du Temps
- Musée Fonds Régional d'Art Contemporain
- Musée Musée Phisalix d'Histoire Naturelle
- Musée Le Prieuré de Mouthier Haute-Pierre
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Espace musée Sainte-Madeleine
- Musée La Grande Saline de Salins-les-Bains
- Musée Excursion au musée de l'Art Brut
- Musée Apothicairerie de l’hôpital de Salins
- Musée Fabrika Sciences
- Musée Musée Ledoux
- Musée Histoires de sel
- Musée Maison du Bois et de la Forêt
- Musée Musée des Maisons Comtoises
- Musée Visite du micro-musée des Premiers Sapins
- Musée Musée de la Poterie Joseph Martin
- Musée Le Baccu
- Musée Musée de la Vigne et du Vin du Jura
- Musée Maison & Laboratoire de Louis Pasteur
- Musée Musée d'Art Hôtel Sarret de Grozon
- Musée Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois
- Musée Maison de la chasse et de la nature
- Musée Musée Bost et de l'outil
- Musée Baraques du XIV