- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée Musée de la Boissellerie
- Musée Musée de la Lunette
- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée Musée du Ski et de la Tradition Rousselande
- Musée La Ferme Louise Mignot
- Musée ArchéoJuraSites
- Musée Expo Faune et Nature
- Musée Musée de l'Espace des Mondes Polaires Paul-Émile Victor
- Musée Écomusée les Forges
- Musée Maison des Cascades
- Musée La Maison de la Flore
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Musée Mon Rêve
- Musée Musée Archéologique
- Musée La nuit au musée
- Musée Maison de la Réserve
- Musée Musée des Lapidaires
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée de la Forge du Moulin
- Musée Maison du parc naturel régional du Haut-Jura
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Musée des pierres et du lapidaire
- Musée La Forge du Moulin
- Musée Musée animalier
- Musée Musée des maquettes
- Musée Musée des machines à nourrir le monde
- Musée Musée Départemental des Sapeurs Pompiers
- Musée Le Monde des Automates
- Musée Musée de la Pipe et du Diamant
- Musée La fraternelle - Maison du Peuple
- Musée Musée de l'Abbaye / donations Guy Bardone - René Genis
- Musée La Grange à Marie
- Musée Exposition Résistance et Déportation