- Musée Fabrika Sciences
- Musée Musée des Armées Lucien Roy
- Musée Espace musée Sainte-Madeleine
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Musée du Temps
- Musée Maison Victor Hugo
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation - Citadelle de Besançon
- Musée Fonds Régional d'Art Contemporain
- Musée Muséum d'histoire naturelle
- Musée Musée Comtois
- Musée Espace Vauban
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée La Bergerie
- Musée Musée de la Poterie Joseph Martin
- Musée Le Baccu
- Musée Musée rural
- Musée Musée du Tacot et des Chemins de fer départementaux
- Musée Le Hameau du Fromage
- Musée Fromagerie-Musée
- Musée Collection privée de voitures anciennes
- Musée Musée des Maisons Comtoises
- Musée La Fabrique du Chocolat
- Musée Atelier Courbet
- Musée Musée Ledoux
- Musée Histoires de sel
- Musée Parc de sculptures Île Art
- Musée Le Parc du Château de Sainte-Marie
- Musée Musée Courbet
- Musée Institut Gustave Courbet
- Musée Musée du costume et des traditions comtoises
- Musée Musée de la Vie d'Avant
- Musée Conservatoire du Machinisme Agricole
- Musée Musée des anciennes Forges
- Musée Baraques du XIV
- Musée Musée Bost et de l'outil
- Musée Maison du Bois et de la Forêt
- Musée Château musée de Fondremand
- Musée Musée de la Taillanderie