- Musée La Bergerie
- Musée Parc de sculptures Île Art
- Musée Le Parc du Château de Sainte-Marie
- Musée Musée des anciennes Forges
- Musée Musée de la Poterie Joseph Martin
- Musée Le Baccu
- Musée Conservatoire du Machinisme Agricole
- Musée Fabrika Sciences
- Musée Musée des Armées Lucien Roy
- Musée Espace musée Sainte-Madeleine
- Musée Baraques du XIV
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Musée de l'Esperanto
- Musée Musée du Temps
- Musée Musée Baron Martin
- Musée Museum d'histoire naturelle
- Musée Maison Victor Hugo
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation - Citadelle de Besançon
- Musée Fonds Régional d'Art Contemporain
- Musée Musée Comtois
- Musée Muséum d'histoire naturelle
- Musée Espace Vauban
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Collection privée de voitures anciennes
- Musée La Villa / FRAC Collection
- Musée Maison natale de Louis Pasteur
- Musée Chapelle des Jésuites
- Musée Musée Ledoux
- Musée Histoires de sel
- Musée Ma première visite au musée
- Musée Musée des Beaux-Arts de Dole
- Musée Halte Brunehaut