- Musée Musée de la Cave de la Ville Haute
- Musée Musée de la Mémoire et de la Paix
- Musée Musée du Fer Blanc
- Musée L'Atelier du Pavillon des sciences
- Musée Musée de Paléontologie Géologie et des Minéraux
- Musée Musée de la Pince
- Musée Musée d'Art et d'Histoire Beurnier-Rossel
- Musée Château Montbéliard Wurtemberg
- Musée Le Pavillon des Sciences
- Musée Le 19
- Musée Le 19, Centre Regional d'Art Contemporain
- Musée Écomusée des Pipes Ropp
- Musée Musée la Maison Vigneronne d'Autrefois
- Musée Musée de la Paysannerie et des Vieux Métiers
- Musée Abbaye Sainte-Odile
- Musée Hôtel des Sires de Neuchâtel
- Musée Maison du patrimoine et des forges
- Musée Centre d'Art d'Audincourt - Donation Patt
- Musée Espace Charles Kieffer
- Musée Musée de L'Aventure Peugeot
- Musée Musée Minal
- Musée Galerie de peinture mathieu
- Musée Musée Roger Comte
- Musée Maison Natale de Saint Joseph Marchand
- Musée La Damassine
- Musée Musée Japy
- Musée Musée agricole départemental
- Musée Maison de Pergaud
- Musée Maison de la Ruralité
- Musée Maison de la chasse et de la nature