- Musée Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît
- Musée Le Tuyé du Papy Gaby
- Musée Visite du micro-musée des Premiers Sapins
- Musée Le Prieuré de Mouthier Haute-Pierre
- Musée Musée Phisalix d'Histoire Naturelle
- Musée Fermé musée du Pays Horloger
- Musée Musée de la vigne et du vin
- Musée Fédération des Musées au Pays de Courbet
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Musée de l'Horlogerie du Haut-Doubs
- Musée Ferme-musée du Montagnon
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Château de Joux
- Musée Musée Vie d'Antan
- Musée L'Ébauche
- Musée Musée de la montre
- Musée Musée de la Vie d'Avant
- Musée Musée du costume et des traditions comtoises
- Musée Institut Gustave Courbet
- Musée Musée Courbet
- Musée Atelier Courbet
- Musée Maison de Pergaud
- Musée La Fabrique du Chocolat
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Maison de la chasse et de la nature
- Musée Fromagerie-Musée
- Musée Musée rural
- Musée Musée du Tacot et des Chemins de fer départementaux
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Le Hameau du Fromage
- Musée Maison Natale de Saint Joseph Marchand
- Musée Musée animalier
- Musée Musée des Maisons Comtoises
- Musée Maison de la Réserve