- Musée Musée des Maisons Comtoises
- Musée Maison de la chasse et de la nature
- Musée Fromagerie-Musée
- Musée Musée rural
- Musée Maison de Pergaud
- Musée Musée Bost et de l'outil
- Musée Musée de la Vie d'Avant
- Musée Musée du costume et des traditions comtoises
- Musée Maison Natale de Saint Joseph Marchand
- Musée Musée Courbet
- Musée Institut Gustave Courbet
- Musée La Fabrique du Chocolat
- Musée Atelier Courbet
- Musée Visite du micro-musée des Premiers Sapins
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Espace Vauban
- Musée Muséum d'histoire naturelle
- Musée Musée Comtois
- Musée Fonds Régional d'Art Contemporain
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation - Citadelle de Besançon
- Musée Maison Victor Hugo
- Musée Musée du Temps
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Espace musée Sainte-Madeleine
- Musée Musée des Armées Lucien Roy
- Musée Fédération des Musées au Pays de Courbet
- Musée Musée de la vigne et du vin
- Musée Écomusée des Pipes Ropp
- Musée Hôtel des Sires de Neuchâtel
- Musée Abbaye Sainte-Odile
- Musée Musée Phisalix d'Histoire Naturelle
- Musée Le Prieuré de Mouthier Haute-Pierre
- Musée Fabrika Sciences
- Musée Musée du Tacot et des Chemins de fer départementaux
- Musée Le Hameau du Fromage
- Musée Le Tuyé du Papy Gaby
- Musée Ferme-musée du Montagnon
- Musée Musée du Fer Blanc
- Musée Musée de la Cave de la Ville Haute
- Musée Musée de la Mémoire et de la Paix
- Musée Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret