- Musée Maison natale de Louis Pasteur
- Musée Chapelle des Jésuites
- Musée Ma première visite au musée
- Musée Musée des Beaux-Arts de Dole
- Musée Baraques du XIV
- Musée Le Baccu
- Musée Musée de la Poterie Joseph Martin
- Musée Salle du Patrimoine
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Le Parc du Château de Sainte-Marie
- Musée Musée des sapeurs-pompiers (Pierre Morisot)
- Musée Maison du patrimoine rural jurassien
- Musée Parc de sculptures Île Art
- Musée Musée Ledoux
- Musée Histoires de sel
- Musée Musée des anciennes Forges
- Musée Jura Météorites
- Musée Musée de la batellerie
- Musée La Bergerie
- Musée Maison du Bois et de la Forêt
- Musée Maison & Laboratoire de Louis Pasteur
- Musée Musée de la Vigne et du Vin du Jura
- Musée Musée d'Art Hôtel Sarret de Grozon
- Musée Musée de plein air l'Etang Rouge
- Musée Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois