- Musée La Maison de la Haute Seille
- Musée L'école d'autrefois
- Musée Centre de Conservation et d’Etude René Rémond
- Musée Musée Bourdy
- Musée La Maison de La Vache qui rit
- Musée Musée des Beaux-Arts
- Musée Apothicairerie de l'hôtel-dieu
- Musée Maison natale de Rouget de Lisle
- Musée Musée de véhicules anciens
- Musée Musée des salières
- Musée P'tit musée de l'école communale
- Musée Maison du Comté
- Musée Apothicairerie de Poligny
- Musée Musée municipal de Poligny
- Musée La Forge du Moulin
- Musée Musée des machines à nourrir le monde
- Musée Musée des maquettes
- Musée Jura Météorites
- Musée Musée de la mode du 18ème 19ème siècle
- Musée Musée de la Forge du Moulin
- Musée Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois
- Musée Le Moulin de la Croix
- Musée Musée d'Art Hôtel Sarret de Grozon
- Musée Musée de la Vigne et du Vin du Jura
- Musée Maison & Laboratoire de Louis Pasteur
- Musée Maison des Cascades
- Musée La nuit au musée
- Musée Musée Archéologique
- Musée Galerie des Moulins
- Musée Maison de l'Agriculture et de l'Alimentation
- Musée Musée du Vélo
- Musée Maison de la Poupée
- Musée Salle du Patrimoine
- Musée Écomusée les Forges
- Musée Musée municipal
- Musée Expo Faune et Nature
- Musée Musée de l'Ours
- Musée Écomusée de la Bresse bourguignonne
- Musée Musée Histoire et Culture des Sourds
- Musée Musée des Beaux-Arts de Louhans
- Musée Musée de l'imprimerie