- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Maison des mathématiques et de l'informatique
- Musée Musée des Confluences
- Musée La Maison Hosotte
- Musée Cité musée Tony
- Musée Classe-Musée
- Musée Musée des géomètres-experts de la région Auvergne-Rhône-Alpes
- Musée Musée d'Histoire Militaire de Lyon et de sa Région
- Musée Musée de l'Aviation Lyon-Corbas
- Musée Centre d'Histoire de la Résistance et de la Déportation (CHRD)
- Musée Musée des Tissus
- Musée Nouvel Institut Franco-chinois de Lyon
- Musée Musée Lumière
- Musée Institut Lumière
- Musée Institut Culturel du Judaïsme
- Musée Musée d'histoire de la médecine et de la pharmacie de Lyon
- Musée Droguier de Lyon
- Musée Maison des Arts
- Musée Musée des Moulages (MuMo)
- Musée Le Petit Musée du Vin
- Musée Fondation Bullukian
- Musée Mémorial National de la prison de Montluc
- Musée Le Rectangle
- Musée Lugdunum - Musée et Théâtres romains
- Musée Musée de l'Illusion
- Musée Soierie Saint-Georges
- Musée L'Antiquaille - Espace Culturel du Christianisme à Lyon
- Musée Cité Internationale de la Gastronomie
- Musée Trésor de la Cathédrale de Lyon
- Musée Musée Soieries Brochier
- Musée Musée des Hospices Civils de Lyon
- Musée Maison de Lorette
- Musée Maison de Pauline Jaricot
- Musée Musée d'Art Religieux de Fourvière
- Musée Musée Cinéma et Miniature
- Musée Science Expériences
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Musée d'Histoire de Lyon - Gadagne
- Musée Le Petit Musée de Guignol
- Musée Musées Gadagne
- Musée Musée de l'Imprimerie et de la communication graphique
- Musée Musée des Beaux-Arts
- Musée L’Aéromusée
- Musée Musée Théâtre Guignol
- Musée Institut d'art contemporain
- Musée Musée de la Blanchisserie
- Musée Soierie Vivante
- Musée Maison des Canuts
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Atelier Mattelon
- Musée Soierie Vivante
- Musée Maison du Blanchisseur-Musée
- Musée Musée d'Art Contemporain (macLYON)
- Musée Musée de l'informatique du centre de calcul de l'IN2P3
- Musée Maison de pays
- Musée Musée des Sapeurs Pompiers Lyon Rhône
- Musée Micro-Folie
- Musée Entre'Vue
- Musée Musée Jean Couty
- Musée Maison du modélisme agricole animé
- Musée Musée Paul Buyer
- Musée Musée de Sciences Biologiques Docteur Mérieux
- Musée Le Secret des Temps
- Musée Musée Antoine Brun
- Musée Maison Natale du Curé d'Ars
- Musée Musée d'Histoire de l'Enseignement Vétérinaire de Lyon
- Musée Musée du chocolat de Lyon - Sève - MUSCO
- Musée Espace Muséal de Gandil
- Musée OL Le Musée
- Musée Maison de la photographie Muroise
- Musée Musée et Sites Archéologiques de Saint-Romain-en-Gal
- Musée Cloître Saint André-le-Bas
- Musée Salle du Patrimoine
- Musée Centre d'Art Contemporain La Halle des Bouchers
- Musée Musée de l'Industrie Textile
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Musée archéologique Saint-Pierre de Vienne
- Musée Maison d'Expositions de L'Araire
- Musée La Demeure du Chaos
- Musée Musée Testut-Latarjet
- Musée Musée de l'Automobile Henri Malartre
- Musée Musée de l'automobile Henri Malartre
- Musée Maison d'Ampère - Musée de l'Electricité
- Musée Le Musée du Caveau
- Musée Musée de la mine et de la minéralogie
- Musée Musée Souvenirs et Traditions
- Musée La Mourine - Maison des forgerons
- Musée Espace Découverte du Pays de L'Arbresle et Musée-Atelier des Canuts
- Musée Musée Chazay d'Azergues
- Musée Musée de La Vie Rurale
- Musée Fossilea
- Musée Musée Autrefois
- Musée Apothicairerie de Montluel
- Musée Musée d'art et d'histoire locale
- Musée Maison des métiers
- Musée Musée d'Océanie
- Musée Espace Jean-Claude COLIN
- Musée Villa de Licinius
- Musée Fonds anciens de Trévoux : Dictionnaire, mémoires et journal de Trévoux
- Musée Musée "Trévoux et ses Trésors"