- Musée Musée de la mine et de la minéralogie
- Musée Espace Découverte du Pays de L'Arbresle et Musée-Atelier des Canuts
- Musée Musée Antoine Brun
- Musée Le Secret des Temps
- Musée Musée d'Histoire de l'Enseignement Vétérinaire de Lyon
- Musée Musée de Sciences Biologiques Docteur Mérieux
- Musée Fossilea
- Musée Maison du Blanchisseur-Musée
- Musée Entre'Vue
- Musée Musée Chazay d'Azergues
- Musée Maison d'Expositions de L'Araire
- Musée Musée de la Blanchisserie
- Musée Maison Natale du Curé d'Ars
- Musée Musée John Mc Grew
- Musée Musée Théâtre Guignol
- Musée Musée du chocolat de Lyon - Sève - MUSCO
- Musée Musée associatif : L'Atelier du Charron
- Musée Micro-Folie
- Musée Musée Souvenirs et Traditions
- Musée Musée de la Musique Mécanique
- Musée Musée des Sapeurs Pompiers Lyon Rhône
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Maison d'Ampère - Musée de l'Electricité
- Musée Musée l'Histoire du Vigneron en Beaujolais
- Musée Musée Toccata
- Musée Maison du modélisme agricole animé
- Musée Musée Paul Buyer
- Musée Nouvel Institut Franco-chinois de Lyon
- Musée La Demeure du Chaos
- Musée Musée Jean Couty
- Musée Lugdunum - Musée et Théâtres romains
- Musée Musée d'Art Religieux de Fourvière
- Musée L'Antiquaille - Espace Culturel du Christianisme à Lyon
- Musée Maison de Pauline Jaricot
- Musée Maison de Lorette
- Musée Musées Gadagne
- Musée Soierie Saint-Georges
- Musée Musée d'Histoire de Lyon - Gadagne
- Musée Le Petit Musée de Guignol
- Musée Musée Cinéma et Miniature
- Musée Trésor de la Cathédrale de Lyon
- Musée Maison des Canuts
- Musée Atelier Mattelon
- Musée Musée de l'Automobile Henri Malartre
- Musée Soierie Vivante
- Musée Musée de l'automobile Henri Malartre
- Musée Musée des Beaux-Arts
- Musée Soierie Vivante
- Musée Musée des géomètres-experts de la région Auvergne-Rhône-Alpes
- Musée Musée des Hospices Civils de Lyon
- Musée Le Rectangle
- Musée Fondation Bullukian
- Musée Musée de l'Imprimerie et de la communication graphique
- Musée Musée des Confluences
- Musée Musée des Tissus
- Musée Science Expériences
- Musée Cité Internationale de la Gastronomie
- Musée Musée de l'Illusion
- Musée Musée Soieries Brochier
- Musée Musée de la vallée de la Truche
- Musée Musée d'Histoire Militaire de Lyon et de sa Région
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Fonds anciens de Trévoux : Dictionnaire, mémoires et journal de Trévoux
- Musée Centre d'Histoire de la Résistance et de la Déportation (CHRD)
- Musée Musée "Trévoux et ses Trésors"
- Musée Le Petit Musée du Vin
- Musée Musée d'Art Contemporain (macLYON)
- Musée Maison des mathématiques et de l'informatique
- Musée Institut Culturel du Judaïsme
- Musée Musée des Moulages (MuMo)
- Musée Musée de l'informatique du centre de calcul de l'IN2P3
- Musée Mémorial National de la prison de Montluc
- Musée Musée des Conscrits®
- Musée Maison du patrimoine de la ville de Villefranche
- Musée Maison des mémoires en Beaujolais
- Musée Institut d'art contemporain
- Musée Musée Lumière
- Musée Musée municipal Paul-Dini
- Musée Cité musée Tony
- Musée Musée d'Océanie
- Musée Espace Jean-Claude COLIN
- Musée Maison de pays
- Musée Institut Lumière
- Musée Maison des métiers
- Musée Musée d'histoire de la médecine et de la pharmacie de Lyon
- Musée Droguier de Lyon
- Musée Classe-Musée
- Musée Musée Claude Bernard
- Musée Musée Testut-Latarjet
- Musée Maison des Arts
- Musée Atelier - Musée du Chapeau
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Musée Le Prieuré
- Musée Musée la Maison de Pierrette
- Musée Musée du Tissage et de la Soierie
- Musée L’Aéromusée
- Musée Musée de cire, La vie du Saint Curé d'Ars
- Musée La Maison Hosotte
- Musée Musée Gabriel Chevallier
- Musée Musée Barthélemy Thimonnier de la Machine à coudre et du Cycle
- Musée Musée de la boucle ferroviaire
- Musée La Mourine - Maison des forgerons
- Musée Musée de l'Aviation Lyon-Corbas
- Musée OL Le Musée