- Musée Musée et Sites Archéologiques de Saint-Romain-en-Gal
- Musée Cloître Saint André-le-Bas
- Musée Salle du Patrimoine
- Musée Musée archéologique Saint-Pierre de Vienne
- Musée Centre d'Art Contemporain La Halle des Bouchers
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Musée de l'Industrie Textile
- Musée Le Musée du Caveau
- Musée La Maison Hosotte
- Musée Musée de l'Aviation Lyon-Corbas
- Musée Villa de Licinius
- Musée Maison de pays
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée La Mourine - Maison des forgerons
- Musée Les cruches funéraires
- Musée Musée Paul Buyer
- Musée Maison du modélisme agricole animé
- Musée Classe-Musée
- Musée Maison des mathématiques et de l'informatique
- Musée Maison des Tresses et Lacets
- Musée Musée des Confluences
- Musée Cité musée Tony
- Musée Maison des Arts
- Musée Musée d'Histoire Militaire de Lyon et de sa Région
- Musée L’Aéromusée
- Musée Musée des géomètres-experts de la région Auvergne-Rhône-Alpes
- Musée Droguier de Lyon
- Musée Maison de la photographie Muroise
- Musée Musée d'histoire de la médecine et de la pharmacie de Lyon
- Musée Musée Théâtre Guignol
- Musée Centre d'Histoire de la Résistance et de la Déportation (CHRD)
- Musée Institut Lumière
- Musée Musée Lumière
- Musée Mémorial National de la prison de Montluc
- Musée Institut Culturel du Judaïsme
- Musée Musée des Moulages (MuMo)
- Musée Musée d'Artisanat Rural
- Musée Musée des Tissus
- Musée Nouvel Institut Franco-chinois de Lyon
- Musée Le Petit Musée du Vin
- Musée Fondation Bullukian
- Musée Le Rectangle
- Musée Musée de l'Illusion
- Musée Lugdunum - Musée et Théâtres romains
- Musée Musée de La Vie Rurale
- Musée Cité Internationale de la Gastronomie
- Musée Soierie Saint-Georges
- Musée Musée Soieries Brochier
- Musée Musée Drevon
- Musée L'Antiquaille - Espace Culturel du Christianisme à Lyon
- Musée Jean Devron
- Musée Trésor de la Cathédrale de Lyon
- Musée Musée des Hospices Civils de Lyon
- Musée Maison de Lorette
- Musée Maison de Pauline Jaricot
- Musée Science Expériences
- Musée Musée de la Blanchisserie
- Musée Musée Cinéma et Miniature
- Musée Musée d'Art Religieux de Fourvière
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Le Petit Musée de Guignol
- Musée Musée d'Histoire de Lyon - Gadagne
- Musée Musées Gadagne
- Musée Musée de l'Imprimerie et de la communication graphique
- Musée Institut d'art contemporain
- Musée Musée des Beaux-Arts
- Musée Espace Muséal de Gandil
- Musée La Grange Chevrotière
- Musée Maison du Blanchisseur-Musée
- Musée Musée de l'Étrange
- Musée Musée des Mariniers
- Musée Musée de la Radio
- Musée Soierie Vivante
- Musée Maison des Canuts
- Musée Maison d'Expositions de L'Araire
- Musée Musée "Les outils de nos ancêtres"
- Musée Musée des Arts Urbains et de Street Art
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Le Secret des Temps
- Musée Atelier Mattelon
- Musée Soierie Vivante
- Musée Musée de l'informatique du centre de calcul de l'IN2P3
- Musée Musée d'Art Contemporain (macLYON)
- Musée OL Le Musée
- Musée Musée des Sapeurs Pompiers Lyon Rhône
- Musée Entre'Vue
- Musée Micro-Folie
- Musée Musée Antoine Brun
- Musée Écomusée du patrimoine des métiers
- Musée Les anciens métiers de Bossieu
- Musée Musée de Sciences Biologiques Docteur Mérieux
- Musée Musée Jean Couty
- Musée Musée d'Histoire de l'Enseignement Vétérinaire de Lyon