- Musée Conservatoire du Machinisme Agricole
- Musée La Bergerie
- Musée Collection privée de voitures anciennes
- Musée Musée de l'Esperanto
- Musée Musée Baron Martin
- Musée Museum d'histoire naturelle
- Musée La Villa / FRAC Collection
- Musée Parc de sculptures Île Art
- Musée Le Parc du Château de Sainte-Marie
- Musée Musée des anciennes Forges
- Musée Fabrika Sciences
- Musée Musée des sciences de la terre Pierre Cretin
- Musée Château musée de Fondremand
- Musée Espace musée Sainte-Madeleine
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Musée du Temps
- Musée Maison Victor Hugo
- Musée Fonds Régional d'Art Contemporain
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation - Citadelle de Besançon
- Musée Musée Comtois
- Musée Espace Vauban
- Musée Muséum d'histoire naturelle
- Musée Musée des Armées Lucien Roy
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Halte Brunehaut
- Musée Musée de la Poterie Joseph Martin
- Musée Musée des vieux Fourneaux et des outils anciens
- Musée Le Baccu