- Musée Collection privée de voitures anciennes
- Musée Château musée de Fondremand
- Musée Fabrika Sciences
- Musée Musée des vieux Fourneaux et des outils anciens
- Musée Espace musée Sainte-Madeleine
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Musée du Temps
- Musée Fonds Régional d'Art Contemporain
- Musée Maison Victor Hugo
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation - Citadelle de Besançon
- Musée Musée Comtois
- Musée Espace Vauban
- Musée Muséum d'histoire naturelle
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée Musée des Armées Lucien Roy
- Musée Conservatoire du Machinisme Agricole
- Musée Musée Bost et de l'outil
- Musée Musée des Maisons Comtoises
- Musée La Bergerie
- Musée Fromagerie-Musée
- Musée Musée rural
- Musée Musée Baron Martin
- Musée Musée de l'Esperanto
- Musée Musée des sciences de la terre Pierre Cretin
- Musée Museum d'histoire naturelle
- Musée Hôtel des Sires de Neuchâtel
- Musée Musée du 11ème chasseur
- Musée Abbaye Sainte-Odile