- Musée Maison de l'Agriculture et de l'Alimentation
- Musée L'Etang de Jean
- Musée P'tit musée de l'école communale
- Musée Musée municipal
- Musée Musée du Vélo
- Musée Maison de la Poupée
- Musée Écomusée de la Bresse bourguignonne
- Musée Musée Bourdy
- Musée Le Moulin de la Croix
- Musée Musée de l'Ours
- Musée Musée des salières
- Musée Musée des Beaux-Arts de Louhans
- Musée Musée de l'imprimerie
- Musée Musée Histoire et Culture des Sourds
- Musée Apothicairerie de l'hôtel-dieu
- Musée Galerie des Moulins
- Musée La Maison de La Vache qui rit
- Musée Musée des Beaux-Arts
- Musée Maison natale de Rouget de Lisle
- Musée Centre de Conservation et d’Etude René Rémond
- Musée Musée de véhicules anciens
- Musée Jura Météorites
- Musée La Maison de la Haute Seille
- Musée L'école d'autrefois
- Musée Espace d'Artagnan
- Musée Maison Plissonnier
- Musée La Maison de la Forêt et du Bocage
- Musée Maison du Comté
- Musée Musée du Blé et du Pain
- Musée Musée de plein air l'Etang Rouge
- Musée Apothicairerie de Poligny
- Musée Musée municipal de Poligny
- Musée Maison du patrimoine rural jurassien
- Musée Musée des sapeurs-pompiers (Pierre Morisot)
- Musée Musée de plein air Étang Rouge
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Moulin-Musée de Ménetreuil
- Musée Moulin de Montjay
- Musée Musée de la Saône et des Gens de la Saône