- Musée Musée archéologique Jean Régnier - Grenier à sel
- Musée Musée du Vigneron
- Musée Une vie de taille - Ivan Avoscan
- Musée La Villa Perrusson et son jardin - Écomusée Creusot Montceau
- Musée Musée de la Mine
- Musée La Maison d'École
- Musée Le Paléorama, espace du Carbonifère
- Musée Usine Aillot - Galerie du camion ancien
- Musée La Pyramide de Cormatin
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Musée de la Natation
- Musée Le Petit Collectionneur
- Musée Musée de l'Homme et de l'Industrie - Écomusée Creusot Montceau
- Musée Pavillon de l'Industrie
- Musée Musée liturgique Saint-Joseph
- Musée Musée archéologique Sabatier
- Musée Musée International des Parachutistes du Special Air Service
- Musée Musée du Donjon - Musée Raymond Rochette
- Musée Musée Maison Nicéphore Niépce
- Musée Musée de l'Ecole en Chalonnais
- Musée Maison du Patrimoine et Café de Pays
- Musée Palais de l’abbé Jean de Bourbon
- Musée Musée d'Art et d'Archéologie de Cluny
- Musée Abbaye de Cluny
- Musée Association Historique Clunysoise de Arts & Métiers
- Musée Club de Modélisme Ferroviaire et Musée des Rotondes
- Musée Musée du Poilu et de l'Artisanat des Tranchées
- Musée Musée du Souvenir du Combattant
- Musée Musée Denon
- Musée Musée Nicéphore Niépce
- Musée Espace Patrimoine
- Musée Centre d'Interpretation de la ligne de démarcation
- Musée Musée bourguignon Perrin de Puycousin
- Musée Hôtel-Dieu-Musée Greuze
- Musée Musée du Vélo - Michel Grézaud
- Musée Musée des arts et traditions populaires
- Musée Les Amis du Passé de Palinges et de sa région
- Musée Musée de la vigne et du vin du vigneron