- Musée Musée de la Mine, de la Verrerie et du Chemin de Fer
- Musée Musée de la vigne et du vin du vigneron
- Musée Écomusée
- Musée Musée du Donjon - Musée Raymond Rochette
- Musée Musée Papotte (Artisanat et vie rurale)
- Musée La Grange aux Fossiles
- Musée Musée de la RN6
- Musée Musée Verger-Tarin
- Musée Musée des Enfants de Troupe
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Musée lapidaire Saint-Nicolas
- Musée Museum d'Histoire Naturelle Jacques de La Comble
- Musée Jardin Lapidaire
- Musée Le Panoptique - Musée Rolin
- Musée Le trésor de la Cathédrale Saint-Lazare
- Musée Musée de la Lime
- Musée Maison Régionale des Arts de la Table
- Musée Pavillon de l'Industrie
- Musée Musée de l'Homme et de l'Industrie - Écomusée Creusot Montceau
- Musée Archéodrome de Beaune
- Musée La Villa Perrusson et son jardin - Écomusée Creusot Montceau
- Musée Hospices de Beaune
- Musée Musée du Vin de Bourgogne
- Musée Musée des Beaux-Arts de Beaune
- Musée Collection d'Engins agricoles
- Musée Collection de véhicules de pompiers
- Musée Collection d'avions de chasse
- Musée Cité des Climats et vins de Bourgogne - Beaune
- Musée Château de Savigny - Musée de la moto, de l'aviation et de la voiture de course
- Musée Musée liturgique Saint-Joseph
- Musée Historial de l'Amitié Franco-Américaine de Beaune
- Musée Maison Jacques-Copeau
- Musée Club de Modélisme Ferroviaire et Musée des Rotondes
- Musée Musée du Vigneron
- Musée Une vie de taille - Ivan Avoscan