- Musée Musée bourguignon Perrin de Puycousin
- Musée Hôtel-Dieu-Musée Greuze
- Musée Musée du Vélo - Michel Grézaud
- Musée Centre Eden, Education-Découverte-Nature
- Musée Musée International des Parachutistes du Special Air Service
- Musée Le Petit Collectionneur
- Musée Maison du Patrimoine et Café de Pays
- Musée Musée de la Natation
- Musée Musée du Terroir et de la Volaille
- Musée Moulin de Montjay
- Musée Moulin-Musée de Ménetreuil
- Musée Musée Antoine Chintreuil
- Musée La Pyramide de Cormatin
- Musée Maison Plissonnier
- Musée Musée Maison Nicéphore Niépce
- Musée Ferme de la Forêt
- Musée Une vie de taille - Ivan Avoscan
- Musée Musée du Vigneron
- Musée Musée de l'Ecole en Chalonnais
- Musée Musée du Souvenir du Combattant
- Musée Musée d'Art et d'Archéologie de Cluny
- Musée Palais de l’abbé Jean de Bourbon
- Musée Abbaye de Cluny
- Musée Musée Nicéphore Niépce
- Musée Association Historique Clunysoise de Arts & Métiers
- Musée Espace Patrimoine
- Musée Musée Denon
- Musée Musée de l'imprimerie
- Musée Musée des Beaux-Arts de Louhans
- Musée Club de Modélisme Ferroviaire et Musée des Rotondes
- Musée Musée Histoire et Culture des Sourds
- Musée Espace d'Artagnan
- Musée Musée de l'Ours
- Musée Musée de la Vigne et du Vin
- Musée Le mémorial Jean-Claude Bernardet
- Musée La Maison de la Forêt et du Bocage
- Musée Cité des Climats et vins de Bourgogne - Mâcon
- Musée Collection de l'Escale à jeux
- Musée Maison de la Poupée
- Musée Musée du Vélo
- Musée Musée des Ursulines
- Musée Cathédrale Vieux-Saint-Vincent
- Musée Ferme de Sougey