- Musée Centre Régional d'Art Contemporain
- Musée Musée de la Bataille de Fontenoy
- Musée Moulin du Vanneau
- Musée Musée Colette
- Musée Maison natale de Colette
- Musée Galerie de l'Ancienne Poste
- Musée La Bâtisse
- Musée Espace Pierre Larousse
- Musée Carrière Souterraine d'Aubigny
- Musée La Pyramide du Loup
- Musée La Grange d'Accueil
- Musée La Métairie Bruyère - Centre d'Art Graphique
- Musée Musée d'Art et d'Histoire de Puisaye
- Musée Musée de l'Aventure du Son
- Musée La ferme du Château
- Musée Musée Jean Larcena
- Musée Musée de la mémoire potière
- Musée Musée du Grès
- Musée Musée du Grès
- Musée Musée de la Vigne et du Vieux Pressoir
- Musée Maison des Fouilles archéologiques
- Musée Musée Pierre Merlier
- Musée Muséum d'Auxerre
- Musée Musée Leblanc-Duvernoy
- Musée Salle d'Eckmühl
- Musée Maison d’écrivain de Marie Noël
- Musée Micro Folie
- Musée Chapelle des Visitandines
- Musée Crypte et trésor de la Cathédrale Saint-Etienne d'Auxerre
- Musée Musée du Moule à Chocolat
- Musée Écomusée des Outils d'Autrefois
- Musée Musée des outils anciens
- Musée Musée d'Art et d'Histoire
- Musée AJA Expérience
- Musée Ecomusée du Flottage du bois
- Musée Espace Flottage
- Musée Musée du Moule à Chocolat
- Musée Ecomusée de la Lavandière
- Musée Musée d'Art et d'Histoire Romain Rolland
- Musée Ateliers artistiques au musée de Clamecy
- Musée Musée des arts populaires