- Musée Musée agricole départemental
- Musée Galerie Cheloudiakoff
- Musée Le musée d'Histoire de la Citadelle
- Musée Tour 46
- Musée Tour 41 : musée des beaux arts
- Musée Patrimoine Belfortain industrie informatique
- Musée Musée d'art moderne - Donation Maurice Jardot
- Musée L’épopée Bull informatique au musée de la Mécanographie
- Musée Musée Minal
- Musée Musée de L'Aventure Peugeot
- Musée Musée de l'Artisanat
- Musée Le 19, Centre Regional d'Art Contemporain
- Musée Le 19
- Musée Château Montbéliard Wurtemberg
- Musée Musée d'Art et d'Histoire Beurnier-Rossel
- Musée Le Pavillon des Sciences
- Musée Maison départementale de l'environnement
- Musée L'Atelier du Pavillon des sciences
- Musée Maison du patrimoine et des forges
- Musée Centre d'Art d'Audincourt - Donation Patt
- Musée Musée Japy
- Musée La Damassine
- Musée Espace Charles Kieffer
- Musée Musée de la Paysannerie et des Vieux Métiers
- Musée Forge-musée
- Musée Musée Roger Comte
- Musée Maison de la Négritude et des Droits de l'Homme
- Musée Musée de la Fête Foraine
- Musée Musee de la Mine Marcel Maulini
- Musée La Galerie de la Filature
- Musée Mémorial de Haute-Alsace
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Musée de l'Histoire
- Musée Maison de la Terre de Haute Alsace
- Musée Musée des Démineurs
- Musée Musée de la Pince
- Musée Musée Sundgauvien
- Musée Centre Rhénan d'Art Contemporain (CRAC Alsace)
- Musée Maison de la nature des vosges saônoises
- Musée Musée départemental de la Montagne