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- Musée Monastère Royal de Brou
- Musée Apothicairerie de l'hôtel-Dieu
- Musée Musée de la Mécanographie
- Musée Le Musée numérique
- Musée Écomusée Maison de Pays en Bresse
- Musée Ecomusée les Vieux Clous
- Musée Musée du Revermont
- Musée Cuivrerie de Cerdon
- Musée Musée des Soieries Bonnet
- Musée Musée Louis Jourdan
- Musée Isarnodurum - Musée archéologique d'Izernore
- Musée Moulin de Pont des Vents
- Musée Calendrier gaulois et dieu de Coligny
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation de l'Ain
- Musée Coligny Car Muséum
- Musée Ferme de Sougey
- Musée Château des Allymes
- Musée Espace Comté d'Aranc
- Musée Musée du Cheminot
- Musée Musée hors les murs Georges Blanc
- Musée Musée du Peigne et de la Plasturgie
- Musée Usine électrique la Grande Vapeur
- Musée Domaine des Saveurs
- Musée Musée des traditions bugistes
- Musée Domaine des Saveurs - Les Planons
- Musée Musée de la vigne de Vaux-en-Bugey
- Musée Musée du train miniature
- Musée Les musées de l'Hôtel Dieu
- Musée Micro-Folie® - Musée numérique
- Musée Centre d'art contemporain de Lacoux