- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation de l'Ain
- Musée Isarnodurum - Musée archéologique d'Izernore
- Musée Musée du Peigne et de la Plasturgie
- Musée Usine électrique la Grande Vapeur
- Musée Cuivrerie de Cerdon
- Musée Moulin de Pont des Vents
- Musée Musée du Revermont
- Musée Espace Comté d'Aranc
- Musée Musée des Soieries Bonnet
- Musée Ecomusée les Vieux Clous
- Musée Musée rural "Vie et métiers d'autrefois"
- Musée Fort inférieur
- Musée Ecomusée Les Outils d'Autrefois
- Musée Centre d'art contemporain de Lacoux
- Musée Écomusée Maison de Pays en Bresse
- Musée Château des Allymes
- Musée Musée de la Tournerie
- Musée Musée municipal de Bourg-en-Bresse
- Musée Monastère Royal de Brou
- Musée Apothicairerie de l'hôtel-Dieu
- Musée Musée de la Mécanographie
- Musée Le Musée numérique
- Musée Air St Lup
- Musée Musée des traditions bugistes
- Musée Vacances d'automne au musée du Jouet
- Musée Calendrier gaulois et dieu de Coligny
- Musée Musée du Bugey-Valromey
- Musée Musée du jouet