- Musée Ferme de la Forêt
- Musée Musée du Terroir et de la Volaille
- Musée Ferme de Sougey
- Musée Moulin de Montjay
- Musée Moulin-Musée de Ménetreuil
- Musée Musée Antoine Chintreuil
- Musée Centre Eden, Education-Découverte-Nature
- Musée Espace d'Artagnan
- Musée Musée du Vélo - Michel Grézaud
- Musée Coligny Car Muséum
- Musée Hôtel-Dieu-Musée Greuze
- Musée Musée bourguignon Perrin de Puycousin
- Musée Calendrier gaulois et dieu de Coligny
- Musée Musée Histoire et Culture des Sourds
- Musée Musée de l'imprimerie
- Musée Musée des Beaux-Arts de Louhans
- Musée La Maison de la Mémoire Cuisellienne
- Musée Domaine des Saveurs
- Musée Musée de l'Ours
- Musée Domaine des Saveurs - Les Planons
- Musée Maison Plissonnier
- Musée Galerie des Moulins
- Musée Écomusée Maison de Pays en Bresse
- Musée Le Moulin de la Croix
- Musée Cité des Climats et vins de Bourgogne - Mâcon
- Musée Le mémorial Jean-Claude Bernardet
- Musée Maison de la Poupée
- Musée Musée du Vélo
- Musée Musée des Ursulines
- Musée Cathédrale Vieux-Saint-Vincent
- Musée Musée International des Parachutistes du Special Air Service
- Musée Musée du Revermont
- Musée Musée hors les murs Georges Blanc
- Musée Moulin de Pont des Vents
- Musée Le Musée numérique
- Musée Le Petit Collectionneur
- Musée Musée de la Natation
- Musée Musée de la Mécanographie
- Musée Apothicairerie de l'hôtel-Dieu