- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Maison de la Réserve
- Musée Musée Mon Rêve
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Château de Joux
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée animalier
- Musée Musée Archéologique
- Musée La nuit au musée
- Musée Excursion au musée de l'Art Brut
- Musée Apothicairerie de l’hôpital de Salins
- Musée La Grande Saline de Salins-les-Bains
- Musée Fédération des Musées au Pays de Courbet
- Musée Musée de la vigne et du vin
- Musée Écomusée les Forges
- Musée Le Prieuré de Mouthier Haute-Pierre
- Musée Musée Phisalix d'Histoire Naturelle
- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée ArchéoJuraSites
- Musée Le Hameau du Fromage
- Musée Musée du Tacot et des Chemins de fer départementaux
- Musée Musée du costume et des traditions comtoises
- Musée Musée de la Vie d'Avant
- Musée Institut Gustave Courbet
- Musée Musée Courbet
- Musée Atelier Courbet
- Musée La Fabrique du Chocolat
- Musée Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois
- Musée Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît
- Musée Musée de la Vigne et du Vin du Jura
- Musée Musée d'Art Hôtel Sarret de Grozon
- Musée Maison & Laboratoire de Louis Pasteur
- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée Maison du Bois et de la Forêt