- Musée Musée animalier
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Maison de la Réserve
- Musée Château de Joux
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît