- Musée Musée du Fer Blanc
- Musée Musée de la Pince
- Musée Ferme-musée du Montagnon
- Musée L'Ébauche
- Musée Musée de la montre
- Musée Musée de la Cave de la Ville Haute
- Musée Musée de la Mémoire et de la Paix
- Musée Musée de l'Horlogerie du Haut-Doubs
- Musée Maison Natale de Saint Joseph Marchand
- Musée Maison de Pergaud
- Musée Musée Vie d'Antan
- Musée Fermé musée du Pays Horloger
- Musée Écomusée des Pipes Ropp
- Musée Musée de la Paysannerie et des Vieux Métiers
- Musée Musée Roger Comte
- Musée Le Tuyé du Papy Gaby
- Musée Espace Charles Kieffer
- Musée Abbaye Sainte-Odile
- Musée Hôtel des Sires de Neuchâtel
- Musée Centre d'Art d'Audincourt - Donation Patt
- Musée Maison du patrimoine et des forges
- Musée Maison de la chasse et de la nature
- Musée La Damassine
- Musée L'Atelier du Pavillon des sciences
- Musée Le Pavillon des Sciences