- Musée Musée de l'Industrie Textile
- Musée Musée des Beaux-Arts et d'Archéologie
- Musée Centre d'Art Contemporain La Halle des Bouchers
- Musée Cloître Saint André-le-Bas
- Musée Salle du Patrimoine
- Musée Musée archéologique Saint-Pierre de Vienne
- Musée Musée et Sites Archéologiques de Saint-Romain-en-Gal
- Musée Le Musée du Caveau
- Musée Musée Drevon
- Musée Jean Devron
- Musée Musée d'Artisanat Rural
- Musée La Grange Chevrotière
- Musée Musée de l'Aviation Lyon-Corbas
- Musée Musée de La Vie Rurale
- Musée Villa de Licinius
- Musée La Maison Hosotte
- Musée Écomusée du patrimoine des métiers
- Musée Les anciens métiers de Bossieu
- Musée Les cruches funéraires
- Musée Musée "Les outils de nos ancêtres"
- Musée Maison de la photographie Muroise
- Musée Musée de la Résistance et de la Déportation
- Musée L’Aéromusée
- Musée Musée-Galerie Clauorum
- Musée Espace Muséal de Gandil
- Musée Classe-Musée
- Musée Maison des Arts
- Musée Musée de Bourgoin-Jallieu
- Musée Maison de pays
- Musée Cité musée Tony
- Musée Musée Hector-Berlioz
- Musée Musée de l'Étrange
- Musée Droguier de Lyon
- Musée Musée des Mariniers
- Musée Musée d'histoire de la médecine et de la pharmacie de Lyon
- Musée Musée des Liqueurs Cherry Rocher
- Musée Maison des mathématiques et de l'informatique
- Musée Institut Lumière
- Musée Musée Lumière
- Musée Musée des Confluences
- Musée Musée d'Histoire Militaire de Lyon et de sa Région
- Musée Mémorial National de la prison de Montluc
- Musée Centre d'Histoire de la Résistance et de la Déportation (CHRD)
- Musée Musée des géomètres-experts de la région Auvergne-Rhône-Alpes
- Musée Musée des Moulages (MuMo)
- Musée Institut Culturel du Judaïsme
- Musée Espace Muséographique
- Musée OL Le Musée
- Musée Le Petit Musée du Vin
- Musée Musée des Tissus
- Musée Institut d'art contemporain
- Musée Fondation Bullukian
- Musée Musée de l'Illusion
- Musée La Mourine - Maison des forgerons
- Musée Le Rectangle
- Musée Cité Internationale de la Gastronomie
- Musée Musée Soieries Brochier
- Musée Tomaselli Collection
- Musée Nouvel Institut Franco-chinois de Lyon
- Musée Science Expériences
- Musée Musée des Hospices Civils de Lyon
- Musée Soierie Saint-Georges
- Musée Trésor de la Cathédrale de Lyon
- Musée Lugdunum - Musée et Théâtres romains