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- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Château de Joux
- Musée Musée de l'Espace des Mondes Polaires Paul-Émile Victor
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Apothicairerie de l’hôpital de Salins
- Musée Excursion au musée de l'Art Brut
- Musée Musée de la Forge du Moulin
- Musée La Grande Saline de Salins-les-Bains
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée Musée des maquettes
- Musée Musée des machines à nourrir le monde