- Musée Apothicairerie de l’hôpital de Salins
- Musée Excursion au musée de l'Art Brut
- Musée La Grande Saline de Salins-les-Bains
- Musée Musée de la Vigne et du Vin du Jura
- Musée Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois
- Musée Musée d'Art Hôtel Sarret de Grozon
- Musée Maison du Bois et de la Forêt
- Musée Maison & Laboratoire de Louis Pasteur
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Musée Ledoux
- Musée Histoires de sel
- Musée Musée municipal de Poligny
- Musée Apothicairerie de Poligny
- Musée Maison du Comté
- Musée Musée Mon Rêve
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Musée Archéologique
- Musée La nuit au musée
- Musée Salle du Patrimoine
- Musée Le Hameau du Fromage
- Musée Baraques du XIV
- Musée Musée du Tacot et des Chemins de fer départementaux
- Musée Écomusée les Forges
- Musée Musée des salières
- Musée Musée de la Poterie Joseph Martin
- Musée Le Baccu
- Musée La Maison de la Haute Seille
- Musée L'école d'autrefois
- Musée Jura Météorites
- Musée La Forge du Moulin
- Musée Atelier Courbet
- Musée La Fabrique du Chocolat
- Musée Musée Courbet
- Musée Institut Gustave Courbet
- Musée Musée du costume et des traditions comtoises
- Musée Musée de la Vie d'Avant