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- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Écomusée les Forges
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- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée Écomusée Maison Michaud
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- Musée Apothicairerie de l’hôpital de Salins
- Musée Excursion au musée de l'Art Brut
- Musée La Grande Saline de Salins-les-Bains
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Musée d'Art Hôtel Sarret de Grozon
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- Musée Apothicairerie de Poligny
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- Musée Maison & Laboratoire de Louis Pasteur
- Musée Musée de la Lunette
- Musée Maison du Comté
- Musée Musée de la Boissellerie
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée des maquettes
- Musée Musée des machines à nourrir le monde
- Musée Musée de la Forge du Moulin
- Musée Musée du Ski et de la Tradition Rousselande
- Musée Musée animalier
- Musée L'école d'autrefois
- Musée La Maison de la Haute Seille
- Musée Maison du Bois et de la Forêt