- Musée Musée de la mode du 18ème 19ème siècle
- Musée Musée des maquettes
- Musée Musée des machines à nourrir le monde
- Musée Musée de la Forge du Moulin
- Musée Musée du jouet
- Musée Vacances d'automne au musée du Jouet
- Musée Atelier des savoir-faire
- Musée Air St Lup
- Musée Ecomusée Les Outils d'Autrefois
- Musée Maison des Cascades
- Musée Musée de véhicules anciens
- Musée Musée de la Tournerie
- Musée Maison natale de Rouget de Lisle
- Musée Musée des Beaux-Arts
- Musée Apothicairerie de l'hôtel-dieu
- Musée Centre de Conservation et d’Etude René Rémond
- Musée La Maison de La Vache qui rit
- Musée La Forge du Moulin
- Musée Expo Faune et Nature
- Musée La Maison de la Flore
- Musée La fraternelle - Maison du Peuple
- Musée Exposition Résistance et Déportation
- Musée Musée de la Pipe et du Diamant
- Musée Musée de l'Abbaye / donations Guy Bardone - René Genis
- Musée Le Monde des Automates
- Musée La Maison de la Mémoire Cuisellienne
- Musée La Ferme Louise Mignot
- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée L'école d'autrefois
- Musée La Maison de la Haute Seille
- Musée Musée des Lapidaires
- Musée Musée de la Lunette
- Musée Moulin de Pont des Vents
- Musée ArchéoJuraSites
- Musée Musée de l'Espace des Mondes Polaires Paul-Émile Victor
- Musée Maison du parc naturel régional du Haut-Jura
- Musée Coligny Car Muséum
- Musée Galerie des Moulins
- Musée Musée Bourdy
- Musée Usine électrique la Grande Vapeur
- Musée Musée du Peigne et de la Plasturgie
- Musée Écomusée les Forges
- Musée Calendrier gaulois et dieu de Coligny
- Musée Musée rural "Vie et métiers d'autrefois"