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- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Musée Archéologique
- Musée La nuit au musée
- Musée Écomusée les Forges
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- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée La Forge du Moulin
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée Expo Faune et Nature
- Musée Apothicairerie de l’hôpital de Salins
- Musée Excursion au musée de l'Art Brut
- Musée La Grande Saline de Salins-les-Bains
- Musée Maison des Cascades
- Musée Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois
- Musée La Ferme Louise Mignot
- Musée Maison de la Réserve
- Musée Musée d'Art Hôtel Sarret de Grozon
- Musée Musée de la Vigne et du Vin du Jura
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Maison & Laboratoire de Louis Pasteur
- Musée Apothicairerie de Poligny
- Musée Musée municipal de Poligny
- Musée Maison du Comté
- Musée Maison du Bois et de la Forêt
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée L'école d'autrefois
- Musée La Maison de la Haute Seille
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée de la Lunette
- Musée Musée des maquettes
- Musée Musée des machines à nourrir le monde
- Musée Musée de la Boissellerie
- Musée Musée de la Forge du Moulin