- Musée Atelier des savoir-faire
- Musée Air St Lup
- Musée Musée de la Tournerie
- Musée Musée du jouet
- Musée Vacances d'automne au musée du Jouet
- Musée La fraternelle - Maison du Peuple
- Musée Exposition Résistance et Déportation
- Musée Musée de la Pipe et du Diamant
- Musée Musée de l'Abbaye / donations Guy Bardone - René Genis
- Musée Le Monde des Automates
- Musée La Maison de la Flore
- Musée Musée des Lapidaires
- Musée Maison du parc naturel régional du Haut-Jura
- Musée Musée de la Forge du Moulin
- Musée Musée rural "Vie et métiers d'autrefois"
- Musée Musée des pierres et du lapidaire
- Musée Musée des maquettes
- Musée Musée des machines à nourrir le monde
- Musée Musée de la mode du 18ème 19ème siècle
- Musée Musée de l'Espace des Mondes Polaires Paul-Émile Victor
- Musée Ecomusée Les Outils d'Autrefois
- Musée Musée de la Lunette
- Musée La Ferme Louise Mignot
- Musée Maison des Cascades
- Musée Expo Faune et Nature
- Musée Musée du Ski et de la Tradition Rousselande
- Musée Usine électrique la Grande Vapeur
- Musée Musée du Peigne et de la Plasturgie
- Musée Musée Départemental des Sapeurs Pompiers
- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée La Forge du Moulin
- Musée Musée de la Boissellerie
- Musée ArchéoJuraSites
- Musée Moulin de Pont des Vents