- Musée L'Etang de Jean
- Musée Maison de l'Agriculture et de l'Alimentation
- Musée Musée municipal
- Musée Écomusée de la Bresse bourguignonne
- Musée La Maison de la Forêt et du Bocage
- Musée Musée du Vélo
- Musée Maison de la Poupée
- Musée Maison Plissonnier
- Musée Musée de l'Ours
- Musée Musée du Blé et du Pain
- Musée Musée de l'imprimerie
- Musée Musée des Beaux-Arts de Louhans
- Musée Musée Histoire et Culture des Sourds
- Musée Le Moulin de la Croix
- Musée P'tit musée de l'école communale
- Musée Galerie des Moulins
- Musée Musée de plein air Étang Rouge
- Musée Musée de la Saône et des Gens de la Saône
- Musée Musée de plein air l'Etang Rouge
- Musée Espace d'Artagnan
- Musée Moulin-Musée de Ménetreuil
- Musée Moulin de Montjay
- Musée Espace Patrimoine
- Musée Musée Nicéphore Niépce
- Musée Musée Denon
- Musée Musée Bourdy
- Musée Musée du Souvenir du Combattant
- Musée Maison du Patrimoine et Café de Pays
- Musée Musée Maison Nicéphore Niépce
- Musée Musée de l'Ecole en Chalonnais
- Musée Club de Modélisme Ferroviaire et Musée des Rotondes
- Musée Maison du patrimoine rural jurassien
- Musée Musée des salières
- Musée Musée des sapeurs-pompiers (Pierre Morisot)
- Musée Jura Météorites
- Musée Centre Eden, Education-Découverte-Nature
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Musée International des Parachutistes du Special Air Service