- Musée Musée du Blé et du Pain
- Musée La Maison de la Forêt et du Bocage
- Musée L'Etang de Jean
- Musée Musée de la Saône et des Gens de la Saône
- Musée Musée de plein air Étang Rouge
- Musée Écomusée de la Bresse bourguignonne
- Musée Espace Patrimoine
- Musée Musée Nicéphore Niépce
- Musée Musée Denon
- Musée Musée du Souvenir du Combattant
- Musée Musée municipal
- Musée Musée de plein air l'Etang Rouge
- Musée Archéodrome de Beaune
- Musée Club de Modélisme Ferroviaire et Musée des Rotondes
- Musée Musée de l'Ecole en Chalonnais
- Musée Maison de l'Agriculture et de l'Alimentation
- Musée Cité des Climats et vins de Bourgogne - Beaune
- Musée Musée Maison Nicéphore Niépce
- Musée Historial de l'Amitié Franco-Américaine de Beaune
- Musée Musée des Beaux-Arts de Beaune
- Musée Hospices de Beaune
- Musée Musée du Vin de Bourgogne
- Musée Maison du Patrimoine et Café de Pays
- Musée Maison Plissonnier
- Musée Collection d'avions de chasse
- Musée Château de Savigny - Musée de la moto, de l'aviation et de la voiture de course
- Musée Collection de véhicules de pompiers
- Musée Musée du Vélo
- Musée Maison de la Poupée
- Musée Collection d'Engins agricoles
- Musée Maison Jacques-Copeau
- Musée Maison du patrimoine rural jurassien
- Musée Musée des sapeurs-pompiers (Pierre Morisot)
- Musée Écomusée
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Musée International des Parachutistes du Special Air Service
- Musée Le Cassissium
- Musée L'Imaginarium - Votre étape oenodivertissante en Bourgogne