- Musée Musée d'Art et d'Histoire
- Musée Chapelle des Visitandines
- Musée Crypte et trésor de la Cathédrale Saint-Etienne d'Auxerre
- Musée Micro Folie
- Musée Salle d'Eckmühl
- Musée Muséum d'Auxerre
- Musée Maison d’écrivain de Marie Noël
- Musée Musée Leblanc-Duvernoy
- Musée AJA Expérience
- Musée Ecomusée de la Vigne et du Vin
- Musée Musée de la Vigne et du Tire-Bouchon
- Musée Musée des arts populaires
- Musée Musée Pierre Merlier
- Musée Vinéa Passion - Musée de la vigne et du vin
- Musée Cité des Climats et Vins de Bourgogne - Chablis
- Musée Musée de la Vigne et du Vieux Pressoir
- Musée Musée du Moule à Chocolat
- Musée La Métairie Bruyère - Centre d'Art Graphique
- Musée Musée
- Musée Musée du Moule à Chocolat
- Musée Musée en Florentinois
- Musée Musée de la Résistance - Groupe Jovinien Bayard
- Musée Musée Jean Larcena
- Musée La Pyramide du Loup
- Musée Espace Pierre Larousse
- Musée Galerie de l'Ancienne Poste
- Musée Musée d'Arces en Arts et Traditions
- Musée Musée des outils anciens
- Musée Écomusée des Outils d'Autrefois
- Musée Hôpital
- Musée Musée du Chevalier d'Éon
- Musée Musée d'Art et d'Histoire de Puisaye
- Musée Carrière Souterraine d'Aubigny
- Musée Musée du Patrimoine Culturel Philippe Makédonsky