- Musée Musée des outils anciens
- Musée Écomusée des Outils d'Autrefois
- Musée Musée de la Vigne et du Vieux Pressoir
- Musée Musée Pierre Merlier
- Musée Ecomusée de la Vigne et du Vin
- Musée AJA Expérience
- Musée Maison d’écrivain de Marie Noël
- Musée Écomusée
- Musée Salle d'Eckmühl
- Musée Micro Folie
- Musée Musée Leblanc-Duvernoy
- Musée Crypte et trésor de la Cathédrale Saint-Etienne d'Auxerre
- Musée Musée de l'Oeuvre Viollet-le-Duc
- Musée Carrière Souterraine d'Aubigny
- Musée Muséum d'Auxerre
- Musée Chapelle des Visitandines
- Musée Musée Départemental d'Art Moderne - Collection Zervos
- Musée Musée d'Art et d'Histoire
- Musée Vinéa Passion - Musée de la vigne et du vin
- Musée Musée de la Vigne et du Tire-Bouchon
- Musée Musée des fouilles des Fontaines Salées
- Musée Cité des Climats et Vins de Bourgogne - Chablis
- Musée La Maison des Pierreux
- Musée Les Fontaines Salées
- Musée Espace Flottage
- Musée Ecomusée du Flottage du bois
- Musée Musée d'Art et d'Histoire Romain Rolland
- Musée Ecomusée de la Lavandière
- Musée Ateliers artistiques au musée de Clamecy
- Musée Musée du Costume
- Musée Hôtel Condé (ancien)
- Musée Musée de l'Avallonnais Jean Després
- Musée Musée des Arts Naïfs et Populaires de Noyers
- Musée Le Musée Olaf DeLafon de l'automobile
- Musée La Métairie Bruyère - Centre d'Art Graphique
- Musée Tour de Télégraphe Chappe
- Musée Musée de la Bataille de Fontenoy
- Musée Centre Régional d'Art Contemporain
- Musée Château de Bazoches