- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée animalier
- Musée Maison de la Réserve
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Château de Joux
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît
- Musée Musée Mon Rêve
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Musée de la Boissellerie