- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Maison de la Réserve
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée animalier
- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Château de Joux
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Musée Mon Rêve
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée ArchéoJuraSites
- Musée Écomusée les Forges
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Musée Archéologique
- Musée La nuit au musée
- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée Musée de la Boissellerie
- Musée La Ferme Louise Mignot
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Expo Faune et Nature