- Musée Maison de la Réserve
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Musée animalier
- Musée Château de Joux
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée Musée Mon Rêve
- Musée Musée de la République du Saugeais - Abbaye de Montbenoît
- Musée Le Prieuré de Mouthier Haute-Pierre
- Musée Musée Phisalix d'Histoire Naturelle
- Musée Musée de la vigne et du vin
- Musée Fédération des Musées au Pays de Courbet
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée Écomusée les Forges
- Musée ArchéoJuraSites