- Musée Maison du Patrimoine
- Musée Mon Rêve - Tracteurs et matériels anciens
- Musée Maison de la Réserve
- Musée Musée Mon Rêve
- Musée Musée de la Meunerie de Métabief
- Musée Écomusée Maison Michaud
- Musée Espace muséographique de la neige artificielle
- Musée Écomusée les Forges
- Musée Musée Archéologique
- Musée La nuit au musée
- Musée ArchéoJuraSites
- Musée Musée animalier
- Musée Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret
- Musée Château de Joux
- Musée Musée d'Armes Anciennes
- Musée Ancienne fromagerie - Le Chalet du Coin d'aval
- Musée Musée de Pontarlier
- Musée Musée municipal d'Art et d'Histoire
- Musée Musée de la Taillanderie
- Musée La Ferme Louise Mignot
- Musée Expo Faune et Nature
- Musée Musée de la Boissellerie
- Musée Excursion au musée de l'Art Brut
- Musée Apothicairerie de l’hôpital de Salins
- Musée La Grande Saline de Salins-les-Bains
- Musée Maison des Cascades
- Musée La Forge du Moulin
- Musée Musée de la Lunette